打坐是一種放鬆但仍然有意識的狀態，可控制自律神經系統，此系統調節不自主運動，如心跳，分泌、蠕動。打坐可使自律神經系統轉向副交感神經系統而引起分泌，增加肌肉緊張性，使心率減慢。而交感神經系統則相反，它減少內分泌，降低肌肉緊張性及增快心率。打坐能降低心率及呼吸次數，降低血漿的壓力激素皮質醇，降低脈率，促進腦波放鬆。

打坐已用於臨床，以增強機體免疫系統，降低壓力，解疼，降血壓，減少焦慮和抑鬱，改進循環。精於瑜伽者能學會控制消化系統、呼吸系統和循環系統。